Научные медицинские школы СГМУ по фундаментальным и клиническим дисциплинам формировались одновременно с организацией Императорского Николаевского университета. Сегодня научные школы, вошедшие в историю мировой и отечественной науки, опираются на добрые традиции, заложенные основоположниками, высокую профессиональную подготовку, и сохраняют свой авторитет не только в Поволжском регионе, но и в России.

В настоящее время научно-исследовательская работа вуза проводится по зарегистрированным во ФГНУ „ЦИТиС“ 6 научным направлениям:

1. „Разработка новых технологий и алгоритмов диагностики и лечения больных с различной патологией органов мочеполовой системы на основе фундаментальных исследований“ — регистрационный номер 01200959766.
   
2. „Фундаментальные и клинические аспекты этиопатогенеза, профилактики, создания новых технологий диагностики, лечения и организации специализированной помощи больным хирургического профиля“ — регистрационный номер 01200959762.
   
3. „Фундаментальные и клинические аспекты этиопатогенеза, профилактики, создания новых технологий диагностики, лечения и организации специализированной помощи больным терапевтического профиля“ — регистрационный номер 01200959764.
   
4. „Охрана здоровья матери и ребенка: научно-фундаментальные и клинические аспекты этиопатогенеза и создания новых технологий диагностики, лечения, организации специализированной и профилактической помощи“ — регистрационный номер 01200959761.
   
5. „Фундаментальные и клинические исследования нарушений внутрисосудистого и сосудистого компонентов микроциркуляции и их фармакологическая коррекция“ — регистрационный номер 01200959765.
   
6. „Экспериментально-клиническое изучение закономерностей конструкции и биомеханических свойств органов и тканей систем организма в аспекте возрастно-половой и индивидуально-типологической изменчивости“ — регистрационный номер 01200959766.
   

Научные исследования выполняются в рамках программ ЮНЕСКО, государственных отраслевых программ Министерства Здравоохранения Российской Федерации; программы международного сотрудничества СГМУ. Труды ученых Саратовского медицинского университета широко известны, как за рубежом, так и в российском научном мире.

В Саратовском государственном медицинском университете разрабатываются приоритетные, требующие первоочередного решения в Саратовской области, направления развития науки и техники, соответствующие Перечню отраслевых программ, утвержденных Министерством здравоохранения РФ:

• Снижение инфекционной заболеваемости в условиях социально-экономического неблагополучия.
• Охрана здоровья женщины, матери, плода и новорожденного.
• Патогенез и терапия заболеваний сердечно-сосудистой системы.
• Новые технологии превентивной клинической педиатрии.
• Разработка методов профилактики и лечения хирургических заболеваний брюшной и грудной полостей, эндокринных желез и сосудов.
• Разработка актуальных вопросов пульмонологии и фтизиопульмонологии.
• Этиология, патогенез, клиника, диагностика, лечение и профилактика основных стоматологических заболеваний.
• Диагностика, лечение и реабилитация больных со злокачественными опухолями.
• Изучение вопросов патогенеза, диагностики, лечения, реабилитации больных с заболеваниями нервной системы.
• Эколого-гигиенические проблемы безопасности региона.
• Разработка научных основ охраны здоровья населения и дальнейшего развития здравоохранения в период его реформирования.
• Этиология, патогенез, клиника, лечение и профилактика заболеваний органов пищеварения.
• Разработка методов диагностики, профилактики и лечения заболеваний глаз, способствующих снижению слепоты и слабовидения на основе углубленного изучения их патогенеза.
• Актуальные вопросы травматологии и ортопедии.

Труды ученых Саратовского медицинского университета широко известны, как за рубежом, так и в российском научном мире. Они опубликованы в научных журналах, сборниках трудов, материалах международных и региональных конгрессов, съездов и конференций. С целью пропаганды достижений медицинской науки в СГМУ чрезвычайно широко издаются монографии, методические пособия, информационные письма, в том числе и по заказам МЗ СО.

Книги сотрудников ВУЗа, выпущенные Издательством СГМУ пользуются популярностью и получают премии на выставках различного ранга.

Велик вклад в медицинскую науку университетских изобретателей и рационализаторов. Только за последние два года преподавателями и студентами университета получено 28 авторских свидетельств на изобретения, полезные модели и патенты.