Традиционными для кафедры госпитальной хирургии лечебного факультета научными направлениями являются острая абдоминальная хирургическая патология, сосудистая хирургия, экстренная онкология, травматология, урология, хирургия желудка. На протяжении всего существования кафедры большое внимание уделялось новым научным направлениям, разрабатывались теоретические аспекты и методология операций на артериях и венах, микрохирургические оперативные вмешательства, изучались вопросы трансплантации трупных почек и почек от живого родственного донора, в результате чего было выполнено более 230 операций.

Под руководством кафедры проводятся Международные научные конференции, крупные Всероссийские форумы, съезды хирургов. В центре внимания конференций всегда стояли ключевые и новые теоретические, а также практические аспекты хирургии. 

Сегодня клиника госпитальной хирургии им. С.И. Спасокукоцкого - один из ведущих хирургических коллективов с мощным научным потенциалом, что подтверждается наличием патентов и ряда монографий. 

Сотрудниками кафедры госпитальной хирургии публикуются научные статьи в российских и международных хирургических журналах. Профессора кафедры имеют большой научный авторитет среди хирургических кафедр и принимают активное участие в качестве оппонентов и рецензентов на защитах докторских и кандидатских диссертаций в ведущих ВУЗах страны.

Кафедра госпитальной хирургии лечебного факультета развивает лучшие научные традиции, заложенные ее основателем — академиком С.И. Спасокукоцким.