Факультет повышения квалификации и профессиональной переподготовки специалистов, созданный в 1960 году, являлся одним из старейших факультетов в России. В 2017 году на основании решения Ученого совета университета факультет повышения квалификации и профессиональной переподготовки специалистов переименован в центр дополнительного профессионального образования.

Дополнительное профессиональное образования включает в себя подготовку медицинских и фармацевтических работников на циклах повышения квалификации и профессиональной переподготовки.

Учебный процесс ведется на собственных клинических базах медицинского университета, на клинических базах лечебно-профилактических учреждений Министерства здравоохранения Саратовской области, на базах медицинских учреждений других областей при реализации выездных форм обучения.

Благодаря совместной работе с региональными управлениями здравоохранения, в центре повышают свой профессиональный уровень специалисты, работающие в Кабардино-Балкарской республике, в Мордовии, в Пензенской, Тамбовской, Брянской, Калужской, Ульяновской, Астраханской, Волгоградской, Липецкой, Оренбургской и других областях России.

Занятия со слушателями проходят на 60 кафедрах университета по 57 специальностям. На кафедрах, входящих в структуру центра, работает высококвалифицированный профессорско-преподавательский состав. Ежегодно в центре проходят обучение более 5000 врачей.

Помимо традиционных методов преподавания (лекции, практические, семинарские занятия), в центре широко используются современные методики — ролевые игры, проблемно-деловые семинары, лекции — дискуссии, научно-практические конференции, круглые столы. На клинических кафедрах проводятся занятия по клиническому разбору больных, обсуждение рецензий на истории болезни, демонстрируются учебные обучающие и информационные фильмы и компьютерные программы. Многие кафедры ведут учебный процесс с использованием дистанционных технологий обучения. Центр принимает участие в реализации программ непрерывного медицинского образования.

Оценка качества подготовки специалистов осуществляется по результатам заключительного трехуровневого экзамена, включающего тестовый контроль знаний, проверку освоения практических навыков на основе решения ситуационных задач и итоговое собеседование.

Кафедрами и деканатом регулярно проводится анкетирование потребителей образовательных услуг — слушателей в целях определения удовлетворенности обучающихся образовательным процессом. Проводятся социологические исследования удовлетворенности работодателей уровнем подготовки специалистов. На основании анализа полученных результатов с учетом мнения потребителей разрабатываются перспективные направления совершенствования деятельности центра.