1 ноября 2007 г. приказом ректора СГМУ была организована кафедра факультетской хирургии и онкологии путем слияния кафедры факультетской хирургии лечебного факультета и кафедры факультетской хирургии и онкологии.

История кафедры факультетской хирургии лечебного факультета начинается с кафедры факультетской хирургии медицинского факультета Саратовского Николаевского университета. Кафедра и клиника на 30 коек были организованы в 1912 г. в главном корпусе городской земской больницы под руководством проф. С. И. Спасокукоцкого. Период его деятельности в Саратове с 1909 по 1926 гг. ознаменовался интенсивным развитием важнейших направлений в хирургии. В годы его заведования на кафедре воспиталась целая плеяда его учеников: А.Н. Бакулев, В.И. Иост, Е.Л. Березов, Н.В. Алмазова, М.П. Соколовский, Н.И. Краузе, Б.М. Линберг, С.М. Колмановский, А.Н. Спиридонов, Б.А. Никитин, Н.И. Голубев и др.

С 10 мая 1914 г. экстраординарным профессором на факультетскую хирургическую клинику был назначен старший врач Тульской губернской земской больницы, приват-доцент Императорского Николаевского Университета, доктор медицины, статский советник Алексей Борисович Арапов. Клиника продолжала работать в помещении городской больницы, так как собственное здание клиники находилось еще в постройке, располагая 20 койками в весеннем и 30 — в осеннем семестре. В связи с тяжелой военной обстановкой в 1914—1918 гг. в лекциях по факультетской хирургии излагались главнейшие вопросы военно-полевой хирургии с описанием главных принципов лечения огнестрельных ранений и эвакуации раненых.

8 марта 1920 года заведующим кафедрой факультетской хирургии был избран профессор, а впоследствии академик, Сергей Романович Миротворцев.

С. Р. Миротворцев органически связал всю научно-исследовательскую работу своей кафедры с изучением вопросов военно-полевой хирургии, эндокринологии, урологии, онкологии и общетеоретическим вопросам, имеющим прямое отношение к практической хирургии.

В 1922 г. Сергея Романовича избирают ректором Саратовского классического университета (1922—1928), где ярко проявились его кругозор ученого и прекрасные организаторские и педагогические способности. С. Р. Миротворцев уделял большое внимание постановке учебно-воспитательной работы со студентами, улучшению работы библиотеки, строительству Клинического городка — крупнейшей больницы города.

После смерти С. Р. Миротворцева в 1949 г. кафедре факультетской хирургии присвоено его имя.

В конце 1949 г. на должность заведующего кафедрой был избран профессор И. М. Поповьян, который возглавлял ее до 18 апреля 1964 г.

Под руководством профессора И.М. Поповьяна получила широкое развитие желудочная хирургия, лечение эхинококкоза печени и легких, заболеваний щитовидной железы, хирургия мочевыводящих путей, вопросы пред- и послеоперационного ухода за больными. Кафедра стала пионером по разработке и широкому внедрению эндотрахеального и потенцированного наркоза. Благодаря усилиям профессора И. М. Поповьяна с осени 1957 г. в клинике стало функционировать торакальное отделение.

Вместе с И. М. Поповьяном на кафедре работали: проф. Т. А. Куницына, проф. В. Н. Кошелев, проф. Б. В. Крапивин, проф. А. Т. Староверов, доц. А. Н. Некрасов, доц. В. Н. Чернышев, доц. Л. А. Мигаль, доц. М. И. Боровский, канд.мед.наук Л. А. Франкфурт, канд.мед.наук А. К. Раскина, канд. мед. наук Н. И. Серебрякова, канд. мед. наук А. Т. Акулинина, канд. мед. наук Е. В. Сидельникова, канд. мед. наук Ю. П. Аверьянов и многие другие известные в Саратове врачи.

Жизнь Ивана Минаевича Поповьяна оборвалась 18 апреля 1964 года в расцвете творческих сил и планов; он умер от повторного инфаркта миокарда.

В 1964 г. клинику возглавил профессор К. И. Мышкин.

Профессор Константин Иванович Мышкин был талантливым учителем, педагогом, врачом. Научные работы по эндокринной хирургии, хирургической гастроэнтерологии, медицинской кибернетике широко известны по всей России и за рубежом. Он является автором более 300 научных работ. Под руководством К. И. Мышкина защищено 10 докторских и 52 кандидатских диссертаций, ученики Константина Ивановича работают во многих городах в качестве преподавателей и заведующих кафедрами. Профессор Константин Иванович Мышкин был награжден орденом „Красной звезды“, двумя орденами „Отечественной Войны II степени“, десятью медалями.

До последнего дня К. И. Мышкин отдавал свои силы науке, больным людям и ученикам и умер на своем рабочем месте 31 августа 1990 г.

С 1990 г. клиникой заведовал доктор медицинских наук, профессор С. С. Слесаренко.

Профессором С. С. Слесаренко были широко внедрены в практику работы клиники видеоэндоскопические и малоинвазивные вмешательства на желчных путях и желудке, поджелудочной железе, при эхинококкозе печени и легких. С. С. Слесаренко является автором свыше 240 научных работ, среди которых 3 монографии. В 1997 г. он избран академиком МАНВШ.

За годы заведования кафедрой Станислав Сергеевич подготовил 12 докторов и 16 кандидатов медицинских наук. В 2000 г. Станиславу Сергеевичу присвоено звание „Заслуженного деятеля науки РФ“. С января 2005 г. Станислав Сергеевич Слесаренко является профессором кафедры факультетской хирургии лечебного факультета.

С 2005 года клиникой руководил доктор медицинских наук А. С. Слесаренко.

А. С. Слесаренко является автором свыше 150 научных работ, среди которых 2 монографии. В январе 2005 г. назначен на должность заведующего кафедрой факультетской хирургии лечебного факультета, где проработал в течение 2-х лет.

История кафедры факультетской хирургии и онкологии начинается в 1931 году, через тридцать лет после создания Саратовского государственного университета с кафедры факультетской хирургии педиатрического факультета, которая избрала своей лечебной базой хирургическое отделение Дорожной больницы. Временно исполнять обязанности заведующего кафедрой было поручено профессору Н. И. Краузе, который в те годы возглавлял кафедру госпитальной хирургии лечебного факультета. Спустя четыре месяца Ученым Советом медицинского института на кафедру был избран профессор Н. И. Голубев. Профессор Н. И. Голубев в течение 28 лет руководил кафедрой, а затем два года был ее профессором-консультантом. Фактически Н. И. Голубев создал кафедру, выпестовал ее коллектив, разработал программу ее деятельности во всех сферах обучения студентов, лечения больных и научных исследований.

Финская кампания и Великая Отечественная война 1941–1945 гг. резко изменили жизнь не только страны, но и каждого медицинского учреждения. Кафедра была передана военно-медицинскому факультету и стала преподавать слушателям военно-полевую хирургию, госпитальную хирургию и одновременно готовить военных хирургов из выпускников института. Основными научными направлениями кафедры стали усовершенствование операций при различных ранениях и оптимизация ведения послеоперационного периода.

В 1943 г. кафедра вновь стала функционировать на педиатрическом факультете, сохранив за собой преподавание госпитальной хирургии на военно-медицинском факультете до конца года. При клинике была организована ординатура, куда принимались по 1–2 врача в год.

С 1968 г. начался новый этап в жизни кафедры. На заведование пришла ученица профессора И. М. Поповьяна — профессор Т. А. Куницына.

Кафедра факультетской хирургии взяла на себя труд по оказанию полноценной помощи больным раком. Благодаря этому обстоятельству на базе лечебного корпуса по инициативе профессора Т. А. Куницыной в 1974 г. была организована кафедра онкологии, третья в Советском Союзе.

В 1970 г. в Саратове была проведена Всероссийская учредительная конференция, декларировавшая организацию Всероссийского общества онкологов. В ее работе активное участие приняли сотрудники кафедры и члены созданного в Саратове в январе 1970 г. общества онкологов, которым в течение 31 года руководила профессор Т. А. Куницына.

В 1988 г. бывший ранее единым коллектив разделился на две самостоятельные кафедры. Кафедру факультетской хирургии педфака возглавил только что защитивший докторскую диссертацию В. К. Кудряшов.

Учебная работа продолжалась по той же методике. Главными научными проблемами кафедры в этот период были ранняя диагностика хирургических и онкологических заболеваний желудка, прямой и ободочной кишок, возможности иммунодиагностики и иммунотерапии у больных хирургического профиля, снижение степени операционно-анестезиологического риска, а также вопросы усовершенствования методики преподавания частной хирургии.

Кафедра онкологии под руководством заслуженного деятеля науки РФ профессора Т.А. Куницыной активно разрабатывала три направления: повышение онкологической грамотности врачей всех специальностей и населения; ранняя диагностика и комплексное лечение опухолей часто встречающихся локализаций; иммунодиагностика и иммуномодулирующая терапия при онкологических заболеваниях. В частности, существенным достижением кафедры явилось создание системы многоэтапной морфологической (цитологической и гистологической) диагностики, значительно повысившей точность определения характера патологического процесса, стадии и биологических особенностей опухоли (поликлинический этап, стационарный предоперационный, интраоперационный, послеоперационный, диспансерно-реабилитационный).

В 1994 г. после двадцатилетнего заведования кафедрой онкологии профессор Т.А. Куницына передала бразды правления профессору А. Н. Тахтамышу, оставшись в должности профессора кафедры. Новый руководитель бережно сохранял добрые традиции кафедры и часто пользовался деловыми советами своего наставника. Работа кафедры продолжалась в прежнем режиме и с той же интенсивностью.

Кафедра же факультетской хирургии педиатрического факультета осталась без заведующего в результате скоропостижной смерти профессора В. К. Кудряшова. На его место был избран профессор А. И. Темников, который не стал радикально изменять существующие порядки, тем более что он, как и его предшественник, активно занимался проктологией.

В сентябре 1999 г. произошло объединение кафедры факультетской хирургии педиатрического факультета с кафедрой онкологии, так как они располагались на одной лечебной базе. Объединение стало именоваться кафедрой факультетской хирургии и онкологии. Объем и характер работы остался прежним. Приказом ректора медицинского университета заведующим кафедрой был назначен профессор А. И. Темников.

В ноябре 2007 г. приказом ректора СГМУ были реорганизованы кафедры факультетской хирургии лечебного факультета и факультетской хирургии и онкологии, путем их объединения. Заведующим кафедрой был назначен проф. Г. А. Блувштейн, ранее работавший заведующим кафедрой общей хирургии.

Г. А. Блувштейн является одним из пионеров внедрения лапароскопических операций в г. Саратове. Впервые в г. Саратове им был выполнен целый ряд лапароскопических вмешательств, таких как спленэктомия, резекция сигмовидной кишки и передняя резекция прямой кишки, гистерэктомия, наложены билиодигестивные анастомозы и др. Под его руководством были внедрены в практику здравоохранения однорядный непрерывный кишечный шов, чрескожные пункции гнойников и кист печени и почек под контролем УЗИ и др.

Под руководством проф. Г. А. Блувштейна защищены 1 докторская и 27 кандидатских диссертаций. За заслуги в развитии практического здравоохранения в 1997 г. Г. А. Блувштейну присвоено звание “Заслуженный врач Российской Федерации”.

С июля 2012 г. по декабрь 2020 г. руководил кафедрой профессор С. В. Вертянкин. С. В. Вертянкин является Членом Российского общества эндоскопических хирургов и Членом Российского общества хирургов. Под руководством профессора Вертянкина С.В. защищены 2 кандидатских диссертации.

В сферу профессиональных интересов С. В. Вертянкина входят не только вопросы хирургии органов желудочно-кишечного тракта, печени и поджелудочной железы, но и онкологии и эндокринологии. В ходе операций им максимально используются эндовидеохирургические методы. С. В. Вертянкин имеет опыт выполнения широкого спектра вмешательств на органах брюшной полости и забрюшинного пространства, заболеваниях прямой кишки, щитовидной железы. При его непосредственном участии в клиническую практику были внедрены радикальные операции при раке поджелудочной железы, метастатическом и первичном раке печени.

В январе 2021 г. кафедру возглавил профессор, д.м.н. С. В. Капралов.

В сферу научных интересов С.В. Капралова входят экстренная хирургия, хирургия кровоточащей гастродуоденальной язвы, исследование микроциркуляции при хирургической патологии, вопросы биофизики при хирургических заболеваниях. Является одним из пионеров внедрения интервенционных операций в экстренной хирургии, в желчной хирургии. Автор 220 научных работ, монографии, 7 патентов на изобретения РФ. Под руководством защищена одна кандидатская диссертация.

Основными направлениями научных исследований кафедры факультетской хирургии и онкологии в настоящее время являются вопросы хирургии печени и внепеченочных желчных путей, поджелудочной железы, желудка и кишечника, эндоскопической и эндокринной хирургии, онкологии, интервенционные вмешательства. Важное значение в исследованиях кафедры имеют диагностика и профилактика послеоперационных осложнений, требующих выполнения релапаротомий, изучение причин возникновения ятрогенных осложнений в хирургии, выполнение сложных реконструктивно-восстановительных операций на желчных путях, желудке и толстой кишке.

В настоящее время на кафедре факультетской хирургии и онкологии им. С. Р. Миротворцева работают: заведующий кафедрой докт.мед.наук, профессор С.В. Капралов, доктора мед.наук, профессора С.В. Вертянкин, Т.Б. Дубошина, В.Н. Долишний, О.М. Конопацкова, канд.мед.наук, доценты Г.М. Евдокимов,  В.В. Якубенко, Н.В. Чупахин, канд. мед.наук, ассистенты Б.С. Харитонов, Р.В. Майоров, Э.В. Амиров, И.А. Турлыкова, ассистенты В.В. Греков, Я.Е. Ванжа, А.Д. Данилов, Я.К. Кузинова.