На кафедре микробиологии, вирусологии и иммунологии проходят обучение студенты 1, 2 и 3 курсов лечебного, педиатрического, медико-профилактического, стоматологического, фармакологического факультетов, института высшего сестринского образования по дисциплинам: «Микробиология, вирусология», «Микробиология», «Санитарная микробиология».

Во время практических занятий создаются условия максимально приближенные к реальной микробиологической лаборатории. Студенты самостоятельно готовят микропрепараты, проводят иммерсионную микроскопию, самостоятельно производят посевы бактериальных культур, изучают собственную микрофлору.

На кафедре ведется постоянное усовершенствование методики преподавания. Появляются новые методические материалы, мультимедийное сопровождение лекций. Проводится контроль качества преподавания в виде посещения занятий, лекций профессорами и доцентами кафедры с последующим обсуждением на кафедральном заседании. На каждом занятии проводится контроль усвоения студентами знаний. В процессе обучения активно используются такие средства, как видеофильмы, мультимедийные курсы лекций, а также другие электронные образовательные ресурсы.

Ежегодно проходят студенческие олимпиады по микробиологии для студентов лечебного, педиатрического и стоматологического факультетов, а также научные дебаты на английском языке для иностранных студентов.