В структуру НИИ кардиологии входит три отдела:

Отдел продвижения новых кардиологических информационных технологий
Заведующий отделом: д.м.н., доцент Киселев Антон Робертович
Телефон: 8-(845-2)-393978

Отдел профилактической кардиологии и реабилитации
Заведующий отделом: к.м.н. Котельникова Елена Владимировна
Телефон: 8-(845-2)-393976

Отдел атеросклероза и хронической ишемической болезни сердца
Заведующий отделом: д.м.н. Посненкова Ольга Михайловна
Телефон: 8-(845-2)-393976