Основными направлениями научных исследований кафедры факультетской хирургии и онкологии в настоящее время являются вопросы хирургии печени и внепеченочных желчных путей, поджелудочной железы, желудка и кишечника, эндоскопической и эндокринной хирургии, онкологии, интервенционные вмешательства. Важное значение в исследованиях кафедры имеют диагностика и профилактика послеоперационных осложнений, требующих выполнения релапаротомий, изучение причин возникновения ятрогенных осложнений в хирургии, выполнение сложных реконструктивно-восстановительных операций на желчных путях, желудке и толстой кишке.

На кафедре много лет работает студенческий научный кружок. Руководителем кружка является  профессор кафедры факультетской хирургии и онкологии, д.м.н. Долишний Владимир Николаевич.

В кружке студенты приобретают навыки научно-исследовательской работы. Результатом работы публикуются в научных сборниках и журналах. Кружковцы активно принимают участие в  дежурствах по экстренному хирургическому отделению, участвуют в операциях в качестве ассистента, занимаются научной работой в различных отделениях хирургической клиники.