Научная работа коллектива кафедры хирургии детского возраста ведется по следующим направлениям: хирургия новорожденных, хирургия патологии полового развития, урология, травматология, хирургическая инфекция у детей. В 2006 году был организован отдел детской уроандрологии НИИ фундаментальной и клинической уронефрологии СГМУ. В 2008 году на кафедре была открыта аспирантура по детской хирургии. В настоящее время ведутся несколько диссертационных исследований на соискание ученой степени кандидата медицинских наук.

При кафедре активно работает студенческий научный кружок, основной задачей которого является воспитание широко образованных, активных и высококвалифицированных детских хирургов. Члены кружка ежегодно становяться дипломантами или призерами Всероссийской конференции СНО по детской хирургии.