В структуру НИИ кардиологии входит четыре отдела:

Отдел продвижения новых кардиологических информационных технологий
Заведующий отделом: д.м.н., доцент Киселев Антон Робертович
Телефон: +7 (8452) 39-39-78

Отдел профилактической кардиологии и реабилитации
Заведующий отделом: к.м.н. Котельникова Елена Владимировна
Телефон: +7 (8452) 39-39-76

Отдел атеросклероза и хронической ишемической болезни сердца
Заведующий отделом: д.м.н. Посненкова Ольга Михайловна
Телефон: +7 (8452) 39-39-76

Отдел фундаментальных исследований в нейрокардиологии
Заведующий отделом: д.ф.-м.н. Руннова Анастасия Евгеньевна
Телефон: +7 (8452) 39-39-78